土著人很重视自己的家园，他们信奉自己的【圣母】。而圣女之树就在这片贵重的矿石之上生长着。人类想要开采矿石，就必须要让土著人搬家。
开采人员分为两派，一派是商人和军人，他们急功近利，想要以军事打压土著人；另一派是科学家，他们主张和平开采，与土著人谈判，【阿凡达】就是为此诞生的。他们将人类和当地土著人的基因结合起来，创造了阿凡达这个独特的物种（其实就跟当地土著人一样），希望阿凡达达能够深入到土著人的生活中。
阿凡达的意识就是他的控制人的意识。因基因独特，每个阿凡达有固定的独一无二的控制人。当控制人睡在某种链接意识的机器中时，控制人的人类身体睡着，而他的意识却在阿凡达的身体中醒来, 就是说，同一个意识，可以控制两个身体，这边睡着，那边就醒来。
主角杰克就是因为这个被请来的，他的哥哥是某个阿凡达的控制人（注意，控制人对每个阿凡达来说都是独一无二的），他哥哥去世了，哥哥的阿凡达就不能醒来，杰克和哥哥是同胞兄弟，基因相同，他就成了唯一能控制这个阿凡达的控制人。
于是他来到了潘朵拉星球，杰克以前是水军陆战队队员，如今双腿瘫痪，他非常渴望能借这笔开采公司给的费用回去做手术，重新站起来。
杰克的精神第一次与他的阿凡达身体结合的时候，他发现自己能跑了，因此非常兴奋，阿凡达对他来说变的意义非凡起来，因为这具身体是强壮、健康的。
变成阿凡达的杰克跟着科研人员外出采集，因受到野兽攻击而跟队伍失散。半夜当他一个人独自与野兽抗拒时，女主（同样是土著人）出现了，救了他。
之后就是杰克慢慢的融入到土著人的生活，慢慢的他开始喜欢上了这个种族，并爱上了女主
杰克一边与土著人相处，一边跟开采商拖延时间，说他可以跟土著人进行谈判，以免伤及无辜，他请求上级不要用武器
上级给了他三个月，时间转瞬即逝，杰克学到了很多，成为了一个出色的土著猎手，而谈判的内容却仍然无法对土著人说出口
于是人类开发商下令开始攻击。
土著人伤亡惨重，接着就是男主奋起抵抗
杰克渐渐发现，这个星球真的有所谓的【圣母】，，其实不是神，而是潘多拉星球发达生物的神经元，所有生物的意识都可以相通，神经元的多次乘方算术能力说明它的智力比人类要发达的多。而【圣母】，就是这个星球神经元的
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